國自然寫作套路:9種常見分子機制與常見實驗方法
2021-08-03
國自然寫作套路:9種常見分子機制與常見實驗方法
2021-08-03
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function _typeof(e){return e&&"undefined"!=typeof Symbol&&e.constructor===Symbol?"symbol":typeof e;}!function(e){if("object"===("undefined"==typeof module?"undefined":_typeof(module)))module.exports=e;else{if(window.__second_open__)return;var t="家朋團座、筷來箸往,當一桌人各自用筷子夾菜時,各種病菌也完成了一場堪比春運的「遷徙」。其中,可能就有「一級致癌物」——幽門螺桿菌的身影。 \x0a\x0a我國幽門螺桿菌的感染率高達59%,也就是說,不到2個人中就有1人染病。而碳十三呼氣試驗,是國際公認檢測幽門螺桿菌的「金標準」。 \x0a\x0a碳十三呼氣試驗怎麼查?有哪些注意事項?本期,首都醫科大學附屬北京朝陽醫院消化科主任郝建宇為你解答。(本期編輯:趙子瑩)";t?e(t,!0):e("家朋團座、筷來箸往,當一桌人各自用筷子夾菜時,各種病菌也完成了一場堪比春運的「遷徙」。其中,可能就有「一級致癌物」——幽門螺桿菌的身影。 \x0a\x0a我國幽門螺桿菌的感染率高達59%,也就是說,不到2個人中就有1人染病。而碳十三呼氣試驗,是國際公認檢測幽門螺桿菌的「金標準」。 \x0a\x0a碳十三呼氣試驗怎麼查?有哪些注意事項?本期,首都醫科大學附屬北京朝陽醫院消化科主任郝建宇為你解答。(本期編輯:趙子瑩)");}window.__setDesc=e;}(function(e,t){function a(e,t){var a=e.match(new RegExp(t+"\\s*=\\s*[\"']?([^\"'\\s>]+)[\"']?"));return a&&a[1];}function n(e){e=e.split(/(]*>)(.*?)()/);for(var t,n=0;ni.offsetHeight+1?"block":"none";},300));});常規的讀入10x的3個文件,需要自己根據下面的網址去下載 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,並且解壓哦,然後 Read10X 函數讀入解壓後的文件夾目錄即可,代碼如下所示:
library(Seurat)#https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz##LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="filtered_gene_bc_matrices/hg19/")pbmc<-CreateSeuratObject(counts=pbmc.data,project="pbmc3k",min.cells=3,min.features=200)首先查看表達量矩陣,是稀疏矩陣格式,如下所示:
大多數腫瘤基因組綜述類文章,對於數據分析部分只是介紹了基礎分析部分,也就是從原始的 fastq 文件通過質控、比對、GATK流程、Call 變異最後得到 vcf 文件和拷貝數變異的結果就結束了。實際上,得到突變結果 vcf 文件後經過 VEP 或 ANNOVAR 等注釋之後,還涉及到很多高級分析方法。主要可以分為以下幾點:
顯著突變基因
英文標題:toxFlow: A Web-Based Application for Read-Across Toxicity Prediction Using Omics and Physicochemical Data
中文標題:toxFlow:一個基於web的應用程序,用於使用組學和理化數據進行毒性預測