國自然寫作套路:9種常見分子機制與常見實驗方法

2021-08-03

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年紀越大,我們的朋友越少。很多30多歲的人,都開始產生嚴重的孤獨感。而對於老人來說,這種孤獨感可能會更加強烈。

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如何設計一個好的基金課題?(一)

如何設計一個好的基金課題?(二)

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國人佳作 | 通過肺和血清的代謝組學解析羅漢果苷V減輕OVA誘導的肺部炎症機制

如何分析cell與cell之間的信號交流-通路傳導的關係?

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常規的讀入10x的3個文件,需要自己根據下面的網址去下載 pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz 文件,並且解壓哦,然後 Read10X 函數讀入解壓後的文件夾目錄即可,代碼如下所示:

library(Seurat)#https://cf.10xgenomics.com/samples/cell/pbmc3k/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz##LoadthePBMCdatasetpbmc.data<-Read10X(data.dir="filtered_gene_bc_matrices/hg19/")pbmc<-CreateSeuratObject(counts=pbmc.data,project="pbmc3k",min.cells=3,min.features=200)

首先查看表達量矩陣,是稀疏矩陣格式,如下所示:

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簡介

大多數腫瘤基因組綜述類文章,對於數據分析部分只是介紹了基礎分析部分,也就是從原始的 fastq 文件通過質控、比對、GATK流程、Call 變異最後得到 vcf 文件和拷貝數變異的結果就結束了。實際上,得到突變結果 vcf 文件後經過 VEP 或 ANNOVAR 等注釋之後,還涉及到很多高級分析方法。主要可以分為以下幾點:

顯著突變基因

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00 文章信息

英文標題:toxFlow: A Web-Based Application for Read-Across Toxicity Prediction Using Omics and Physicochemical Data

中文標題:toxFlow:一個基於web的應用程序,用於使用組學和理化數據進行毒性預測

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