翻了翻日記，發現我第一次使用 Zotero 文獻管理器的時間，是 2008 年 12 月 19 日。這中間曾經因為論文寫作需要處理中文文獻等原因，若干次切換過其他的文獻管理器，包括 NoteExpress 和 Mendeley 等。幾經波折，最終 Zotero 成為了我長期使用的文獻管理工具。
在學術界，Zotero 早已成為了廣受歡迎的文獻管理器。Roam Research 插件 ZoteroRoam 的一經發布，就令學者們歡呼雀躍。Heptabase 的用戶 On borading 訪談里，開發者 Alan 一聽對方是研究生 / 教授，第一句話就是「不好意思，我們目前還沒能支持 Zotero」，以便節省雙方溝通的時間。
Zotero 一出現，就解決了論文寫作者的諸多痛點。例如支持多種文獻庫，在其中都可以一鍵抓取元信息等。後來還不斷進化，可以雲解析 PDF 文件元數據，省去了很多繁瑣的人工錄入與校對操作。
然而， Zotero 的可用場景和鏈接粒度，一直不能滿足我的需求。
移動互聯時代，人們更多時候採用移動設備辦公。利用好零碎時間讀文獻，是個剛需，可惜長期以來，Zotero 一直缺乏移動端 App 。我曾經在 iPad 上面使用 PaperShip 暫且將就，但是試用效果很糟糕。使用其他移動端 PDF 閱讀器閱讀，還要考慮和 Zotero 的整合同步。前些日子因為發現 LiquidText 支持了 Zotero 整合，我還着實興奮了一回。
更為重要的，是論文閱讀往往需要面向輸出做準備，我們時刻都需要保留引文和批註的來源和上下文線索。Zotero 里可以保留 PDF 文件，並且進行高亮批註。只是 Zotero 支持的線索粒度，非常粗糙，只能到文獻這一層級。對於2-3頁紙的短論文，這還可以忍受。但是如果文獻是一本書，或者是動輒數百頁的畢業論文或長篇報告，那定位到精準的上下文就顯得非常重要。
這樣一來，不管你用什麼筆記工具，都得一方面用深度鏈接（例如 MarginNote, LiquidText 和 Hook 賦能後的 Skim 等）去指向 PDF 中的精確位置，另一方面，卻又時刻不能忘記得把與之相關的 Zotero 文獻標記一起記錄。否則將來想引用的時候，還得重複找尋折騰。兩方面的操作，都隨時牽扯，工作流程支離破碎，令我這種懶人很是煩惱。
Zotero 也嘗試過用插件系統（例如 Zotfile 等）來解決部分問題。但是除了 Better BibTex 之外，幾乎所有的插件都被我從 Zotero 移除了出去。無他，不好用。
這幾天，Zotero 6.0 發布了。這個消息，讓人興奮不已。
這個版本，Zotero 從一款文獻管理工具，變成了知識管理與綜合工具。它現在的功能，覆蓋了文獻移動閱讀、筆記內容綜合，以及通用文本格式與其他工具深度整合能力。我的上述痛點，幾乎都在這個版本裡面得到了解決。
下面咱們針對最令人興奮的幾大亮點，一一來講講。
首先，是 Zotero 終於有了移動版。目前提供的，包括 iOS 和 iPadOS 版本。你可以直接在 App Store 下載。
Zotero 剛進行 iOS 版本 Test Flight 測試的時候，我就參與了。但是當時使用體驗着實不佳，這個測試版就被我扔在一邊了。但是這次，我發現正式版迭代完成度非常高。當真「士別三日，當刮目相看」。
為了節省空間，移動版 Zotero 默認只同步元數據，不包含 PDF 文檔。需要的時候，你在對應文獻條目點選一下，對應的 PDF 就自行下載同步了。
如果你用過 iPad 上其他的主流 PDF 閱讀器，第一眼並不會對 Zotero iPadOS 版本有什麼深刻印象。看似平平無奇，不過就是個基本款的 PDF 閱讀與批註工具。
但是，對於做學術研究的人員來說，這個簡單的界面覆蓋了大部分每天必用的功能。
這些最基本的功能包括：
文本高亮；
注釋添加；
圖片選擇；
自由手繪
咱們一一看看。
先看文本高亮。
你可以換用不同的顏色進行高亮。高亮之後的文本，算作是原文的直接引用。
後一個按鈕是注釋添加。
你在閱讀 PDF 論文的時候，靈光乍現，會在某些頁面留下這樣的痕跡。當然，對於高亮文本，也可以點擊添加注釋。
再來是圖片（區域）選擇。
終於，Zotero 也可以把圖像直接加入筆記了。你不僅可以把圖片截取出來使用，也可以框定公式。但請注意，公式只能作為圖片來保存。你是不是期望着畫一個框，裡面的公式就自動識別成 LaTeX ？目前還不成。
下面是移動版的特色功能 —— 自由手繪。其實我讀論文的時候最愛做的，就是留下類似這種「到此一游」的隨意批註。回頭再進行細緻整理。
上述的標註結果，都可以在左側邊欄匯總。而且，點擊標註，你可以跳轉到對應的邊欄位置。
反之，點擊左側邊欄上的某張縮略圖，也可以跳轉到對應的標註上。
所有在移動設備 Zotero 上的標註，都可以實時雲同步到桌面端。
後續的加工操作，我建議你都放在桌面端進行。因為桌面版相關功能更完善。
默認狀態下，你的標註只是跟隨着某篇文獻。下面是重要的一步——你可以選擇把它們都放置到筆記中去。
這個初始筆記，其實對應了「卡片筆記寫作法」裡面提到的「文獻筆記」（Literature Notes）。但是這不是它的完成態。你可以進一步加工，把它變成「長期筆記」（Permanent Notes）。
點擊筆記，選擇顯示位置，可以立即跳轉到 PDF 對應位置，查看上下文。
單篇文獻的筆記，用處有限。梳理文獻的時候，你需要多篇文獻來構成背景和知識地圖。Zotero 6.0 中的筆記，並不限定只包含某一篇論文的內容。你可以隨時添加其他論文的標記和批註進來。
當你打開其他文獻時，原來的筆記框還在那裡，等待你去填充。
我們給這篇文獻高亮部分文字，添加批註，然後可以直接拖動到筆記編輯器的指定位置。
筆記來源於多篇文獻。每一個個段落，都可以顯示原始出處，並且方便地跳轉到精確的上下文。這樣一來，你就可以把多篇筆記中的文本、圖片和自己的思考熔於一爐，進行綜合了。
如果你覺得筆記編輯窗口有些小，還可以將其開啟為一個獨立的窗口。這樣用起來就方便多了。
這個獨立的筆記編輯器，目前基本功能齊備。你可以調整文字的大綱級別和字體。
還可以選用不同顏色，高亮筆記文本。
支持全文檢索，幫助你精準定位某個關鍵詞。
甚至你還可以通過搜索文獻庫的方式，再度添加其他文獻的引用。
在筆記編輯功能的輔助下，你可以把來自多篇文獻的「文獻筆記」通過綜合，形成你的「長期筆記」了。長期筆記是你後面論文寫作的「預製件」。有了它，你後續的論文寫作，就從「痛苦碼字」，變成「輕鬆拼圖」，從而達到「寫在寫先」（Writing before Writings）的目標。
為了方便科研人員的寫作，Zotero 筆記提供了多種輸出方式。第一種是直接輸出到文字處理器（例如 Word），形成可以提交的文稿。
在 word 裡面新建文檔，你可以直接選擇導入筆記。導入的時候，需要指定參考文獻的格式。咱們這裡以國標 GBT7714-2015 為例，選定之後文獻的引用為上標形式。
對來源文獻的文字引用（直引）會帶引號，方便你識別，避免後面寫作的時候不小心過度引用。你自己的批註和筆記，以及摘取的圖片等都一應俱全，而且所有引用的出處都有保留。
你可以繼續導入其他筆記，或者在當前筆記上修改內容。定稿之後，可以一鍵把參考文獻列表加到文後。
不過，你會看到參考文獻列表中部分內容有問題。可能因為選擇了中文的緣故，一些英文文獻中本來應該出現的 「,et al.」 變成了中文的「等」，還有「卷」其實應該做 "vol" 。希望將來 Zotero 可以自動識別和處理這些小瑕疵。幸好這些都屬於細枝末節，你後續可以根據需要，統一進行調整替換。
除了 Microsoft Word 以外，Zotero 還可以支持 Libre Office 等文字處理器，具體使用方法可以參考這裡。
如果你跟我一樣，更喜歡使用 Markdown 而不是 Word 寫文章，那麼這次 Zotero 6.0 的升級會讓你更開心 —— 筆記可以直接輸出成為 Markdown 格式。
在文本編輯器里（此處為 Visual Studio Code）打開輸出後 Markdown 文件，是這樣的。
看起來不太直觀嘛。沒關係，我們把它貼到 Heptabase 裡面看看。
直接引用和截取圖片的後面，除了有到文獻的鏈接，還有直達 PDF 精準位置的深度鏈接，我們點開看看。
這樣，你就可以把 Markdown 融入各種筆記工具，例如 Heptabase, Roam Research 或者 Zettlr 中，在第二大腦進行深度加工。而且這種遷移後的結果，不僅可以保持格式簡潔一致，還能隨時跳轉到筆記來源上下文，使用起來非常流暢。
本文為你介紹了 Zotero 6.0 的主要功能。這次的大版本更新，讓你可以隨時進行文獻的閱讀、標註，所有的客戶端實時雲端同步，再也不必擔心這些高亮和標註被忽視和丟棄。你可以進行跨越文獻的綜合加工，快捷輸出為文章成品，也可以把知識萃取和思考結果，融入到「卡片筆記寫作法」的工作流程中。
我想說，Zotero，這次你幹得漂亮！
除此之外，這個版本還有很多的功能細節改進。篇幅所限，這裡就不一一展開了。你可以點擊閱讀官方的說明，查看更為完整的介紹。
Zotero 後續還有很多可以完善的地方，例如編輯器字號調整功能等。相信隨着時間的推移，開發團隊會不斷迭代，滿足學術用戶的這些需求。
如果你想下載使用的話，Zotero 6.0 桌面版本的鏈接在這裡，iPad 和 iOS 的 App Store 下載鏈接在這裡。
對 Zotero 這次更新，你是否像我一樣感到激動和滿意呢？歡迎把你的使用心得分享在留言區，咱們一起交流討論。
祝文獻閱讀愉快！
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