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二萜類天然產物是萜類家族中結構多樣性最強的一類化合物(已發現大約18000個),且具有多種生物活性。這類化合物的化學骨架多樣性主要歸功於二萜環化酶的催化,該類酶可以將20個碳原子的通用線裝底物GGPP轉化成各種富含手性中心和環繫結構的二萜產物。然而,相對於二萜類化合物的大量發現,二萜環化酶的結構和催化機制研究大為滯後,尤其是對它們如何催化產生多環二萜的理解比較欠缺。
近日,北京大學藥學院馬明研究團隊與德國波恩大學Jeroen S. Dickschat教授合作,通過解析二萜環化酶晶體結構揭示複雜四環二萜cattleyene生物合成機制,並基於晶體結構開展定點突變改變酶的產物結構,獲得新骨架二萜化合物。
Cattleyene(1)是一個新骨架的四環二萜,具有不同於其它二萜化合物的5/5/6/5環繫結構。研究團隊針對cattleyene的二萜環化酶CyS開展了研究,解析了CyS的母體晶體結構(2.00 Å)、CyS與原始底物GGPP的複合物晶體結構(1.87 Å)。該複合物晶體結構首次揭示了原始底物GGPP在二萜環化酶活性口袋中的結合信息,不同於文獻報道中的GGPP類似物的結合信息。進一步深入分析發現CyS活性口袋中的多個芳香性氨基酸可以通過cation-π相互作用穩定碳正離子中間體,分子對接實驗揭示了CyS從結合GGPP到生成cattleyene的完整環化過程。
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圖1. 四環二萜cattleyene的結構、二萜環化酶CyS晶體結構,以及GGPP在CyS中的結合
研究團隊開展了定點突變研究,驗證了CyS活性口袋中的關鍵氨基酸殘基的功能。關鍵殘基的突變導致無法穩定碳正離子中間體,使得生物合成流向上游旁路路徑,產生不同骨架的二萜產物。出乎意料的是,一個遠離GGPP結合口袋的突變C59A除了產生cattleyene外,還產生了5個不同環系新產物(化合物2-5)。研究團隊進而解析了CySC59A突變體的晶體結構(2.30 Å),揭示了半胱氨酸C59雖然不與底物GGPP直接相互作用,但是其突變為丙氨酸後空間位阻減小,鬆弛了活性口袋,使得突變後的酶能夠更快地結合底物並催化反應,但同時失去了只產生cattleyene一個產物的專一性。
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圖2. CyS定點突變產生不同骨架的二萜產物
鑑於突變體產物化合物6是一個新骨架四環二萜,它的環化機制無法通過經驗進行簡單的推測,因此研究團隊通過一系列13C 和2H的同位素標記實驗,揭示了化合物6形成中所經歷的多種骨架重排和氫負離子遷移的過程。
該研究不僅推進了對四環二萜環化酶催化機制的理解,也為複雜環系二萜的合成生物學製備提供了依據。
論文信息
Crystal Structure Based Mutagenesis of Cattleyene Synthase Leads to the Generation of Rearranged Polycyclic Diterpenes
Baiying Xing, Houchao Xu, Annan Li, Tingting Lou, Meng Xu, Kaibiao Wang, Dr. Zhengren Xu, Prof. Dr. Jeroen S. Dickschat, Dr. Donghui Yang, Dr. Ming Ma
Angewandte Chemie International Edition
DOI:10.1002/anie.202209785
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