鑽石舞台

腫瘤免疫與新型細胞死亡課題設計及生信分析培訓班【4月30日-5月1日】

腫瘤免疫與新型細胞死亡課題設計及生信分析培訓班【4月30日-5月1日】

背景簡介

2019年度國家自然基金醫學科學部共批資助10138項目，批助金額總計441310萬元。其中面上項目數量占45%，金額占57%；青年科學基金項目數量占43%，金額占20%。

初步統計，這些項目中大部分都與編碼基因有直接或間接的關聯。其中，與通路（pathway）關聯的有1349項，金額4.89億；與miRNA相關的有630項，金額2.3億；與lncRNA相關的有395項，金額1.45億；

如何獲得有創新意義的疾病靶標基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是項目申請及文章寫作時最常見的問題。基於這個目的，我們開展了該培訓班：TCGA&GEO高通量數據挖掘。癌症是臨床醫學中非常重要的疾病方向。TCGA數據庫中包含了常見了40種癌症方向（含30000個樣本）的高通量數據及臨床信息。大家對TCGA數據庫的使用近幾年也在逐漸增加！另外，其他疾病的研究可以通過GEO數據庫進行。

項目類型

題目

金額/萬元

重點項目

FXYD3介導的信號網絡對腸道黏膜免疫穩態的調控研究

300

重點項目

基於蛋白-蛋白相互作用精準調節轉錄因子Nrf2活性及探索其作為肝細胞癌治療的新靶標

298

重點項目

miR-23b/24-1簇防治燒傷後膿毒症所致MODS的系統研究

297

面上項目

LZTR1基因突變導致的RAS/MAPK通路過度激活以及Noonan綜合徵相關肥厚型心肌病的機制研究

60

面上項目

SUGP2基因及其突變在遺傳性血色病中的致病作用及其機制研究

60

面上項目

WDR73基因突變在Galloway-Mowat綜合徵中的致病機制研究

60

面上項目

STAG2通過ERK/AKT/GSK3β/c-Myc反饋通路調節甲狀腺癌穀氨酰胺代謝的機制研究

60

面上項目

LncRNA FOXF1靶向調控動力相關蛋白1表達在缺氧誘發肺動脈內皮細胞焦亡中的作用及分子機制

55

會議預期

通過三天的學習，我們了解生信分析思路對項目及文章的幫助，以及實操常見的數據庫、在線工具和本地軟件。使得學員可以自己完成一個完整的分析報告並獲得疾病相關的靶標基因。

講師簡介：宋偉博士

成果：參與完成了近百篇軟件著作權和發明專利的撰寫和申請；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等數據庫的分析和構建；完成個體基因檢測流程和無創唐篩流程的開發。

研究方向：有近十年的生信分析經驗，擅長方向有轉錄組測序分析、芯片數據分析、疾病機理研究分析、疾病預後與基因關聯分析、項目分析思路設計以及個性化分析等，精通perl、R等編程語言。

培訓經歷：在上海、北京、廣州、瀋陽、南京等城市舉辦過幾十場培訓班。

主辦方：上海循掘生物科技中心

會議時間：2022年5月2-4日（2天2晚）

2日晚上19:00-22:00

3日白天9:00-18:00 晚上19:00-22:00

4日白天9:00-18:00

會議地點：線上：騰訊網絡會議室，

會務費用：3200元/人

優惠政策：

1.提前確認報名及轉賬的，可以提前拿到學習材料

2.三人組團報名，每人優惠100元

3.四人組團報名，每人優惠200元，

4.六人組團報名繳費，可免1人參會費！

可以開正規會務發票，紙質邀請函（蓋紅章）。

注意事項：必須使用win7以上系統的電腦，現場不得錄音錄像。上課軟件為Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。

另外需安裝騰訊會議軟件。

交費方式：

A：銀行轉賬

賬戶名稱：上海循掘生物科技中心 賬戶號：1001064709100016561

開 戶 行：中國工商銀行上海市永泰路支行

B：支付寶轉賬

收款人：yonghong1028@126.com 戶 名:金永紅

C：公務卡微信支付

報名方式

日程表

TCGA&GEO高通量數據挖掘分析實操強化研討會

時間安排

課程表

介紹

第一天夜間

19:00-20:30

生信簡介

生物信息介紹

高通量：測序及芯片介紹——不同組學：轉錄組學、基因組學、表觀組學、順反組學、宏基因組學等。

經典生信SCI文章的解讀，了解TCGA數據庫、GEO 數據庫這些公共數據的挖掘獲得創新結論並發文章的思路。

20:30-20:45

休息

20:45-22:00

TCGA數據庫

NCBI GEO數據庫

TCGA數據庫：最全的癌症高通量數據公共庫(簡介)

TCGA數據庫的介紹和使用（包含了轉錄組、基因組、表觀組和臨床信息數據）

GEO數據庫介紹：數據量最大的高通量公共數據庫。

GEO數據庫的高通量芯片數據查找、篩選、探針轉換、差異分析等。

第二天上午

8:30-10:00

R語言學習

R軟件與Rstudio軟件下載、安裝、界面。

R語言基礎：元素、向量、矩陣、數組

R語言函數：計算函數、統計函數等

R語言路徑確認及修改

R語言文件（圖、表）的導入和導出

10:00-10:20

休息

10:20-12:00

R語言學習

R語言包：包的下載安裝

R語言：差異分析limma包使用、火山圖製作

12:00-13:30

午餐及午休

第二天下午

13:30-15:00

TCGA相關的下載工具

TCGA數據庫癌症數據下載：RNA-seq數據、miRNA-seq數據、甲基化數據、基因組數據及臨床信息數據的下載TCGA數據書庫癌症數據的處理，獲得關鍵mRNA、miRNA的表達譜矩陣。

15:00-15:20

休息

15:20-17:30

TCGA相關的分析工具

TCGA數據分析——突變分析、差異分析、關聯分析、生存分析、miRNA調控靶基因分析等。Cbioportal數據庫學習R語言做生存曲線KM圖（批量）

17:30-19:00

晚餐

第二天夜間

19:00-22:00

數據的後續高級分析工具實戰

DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

通路map圖構建

聚類熱圖製作

R語言pheatmap包做聚類熱圖

蛋白與蛋白互作分析（PPI）——STRING數據庫

第三天全天

8:30-12:00

數據的後續高級分析工具實戰

cytoscape軟件（上）：網絡圖構建與美化

cytoscape軟件（下）：插件使用

GSEA軟件的實操：全基因集富集分析

12:00-13:30

午餐及午休

13:30-16:00

思路討論

基於GEO數據庫多套數據整合（meta）分析思路演練

基於TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全轉錄組整合分析思路演練

基於TCGA的甲基化與轉錄組整合分析思路演練

基於TCGA的基因組與轉錄組整合分析思路演練

串講

思路大串講

備註：講師使用windows10系統講解，建議攜帶同樣系統的電腦

上課軟件為：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio

通過本次學習，您可以學會以下作圖（包括但不限於）

示例圖 通路富集分析結果圖

示例圖 聚類熱圖分析

示例圖 網絡圖

示例圖 pathway map圖

示例圖 關鍵基因的KM生存曲線圖

示例圖 柱狀圖與venn圖

示例圖關鍵基因的KM生存曲線圖

示例圖 venn圖

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