小張聊科研 - 700餘篇文章被批遺傳序列錯誤！大部分作者來自中國醫院！－鑽石舞台

澳大利亞悉尼大學癌症研究員Jennifer Byrne領導的分析團隊，通過對12,000篇人類遺傳學論文進行計算機輔助分析，在700多項研究中發現其DNA或RNA序列中存在錯誤。

研究人員懷疑這其中可能存在欺詐行為，還會導致不可估量的嚴重後果，因為這表明人類基因研究中有部分是不可信的。

圖片來源：網絡

這些遺傳序列錯誤是如何發現的？

自2015年以來，Byrne一直致力於發掘遺傳學研究中的錯誤。當時有五篇文章（現有四篇文章已被撤回）均報道了一項常見實驗：用一小段DNA以失活癌細胞中的基因。這些研究實驗中報道了錯誤的核苷酸序列。

Byrne 繼續尋找有類似錯誤的論文。2017年，她與法國格勒諾布爾-阿爾卑斯大學的計算機科學家Cyril Labbé 合作開發了名為 Seek & Blastn 的軟件，該軟件可以標記潛在錯誤。具體來說，該軟件從論文中提取短核苷酸序列，並將其與公共核苷酸數據庫Blastn比對，以檢查是否與其靶基因相匹配，最後研究人員確認了一些基因標記與靶基因不匹配。

為了評估問題的嚴重程度，該團隊特意篩選了兩個期刊的論文，Gene（檢查了2007-2018年發表的7,400 篇原始論文）和Oncology Reports（2014-2018年間發表的3,800 篇開放獲取的論文）。此前，這兩個期刊都發表過問題文章。經過人工檢查，Oncology Reports論文中約12%存在核苷酸序列錯誤，Gene中為2%。

Jennifer Byrne

圖片來源：Wolter Peeters/The Sydney Morning Herald

Byrne團隊還挑選了癌症遺傳學的三個子領域（以前也曾發現有問題）：特定類型的microRNA對癌細胞的影響、癌細胞或癌症患者中使用藥物順鉑或吉西他濱、消除17個基因其中之一的活性以確定其在癌細胞中的功能。在這些子領域，25%以上（大約600篇論文）論文中的核苷酸序列存在錯誤。

2021年7月31日，研究人員將發現發表在bioRxiv預印本上，結果表明總共有712篇論文，約占篩選總數的6%，其核苷酸序列存在錯誤。這些研究發表在78種期刊上，總引用次數超17,000次（其中29項研究發表在Springer Nature出版的期刊上，該期刊表示將調查相關論文）。此外，研究指出712 項研究中只有11項被撤回，3項表達了擔憂。

圖片來源：bioRxiv

Byrne 表示她的團隊已經給所有相關期刊或出版商的編輯發了電子郵件，有些回復會進行調查。Oncology Reports的主編、病毒學家Demetrios表示還沒有足夠的時間來評估文章指出的所有數據。Gene的主編、分子生物學家Andre Van Wijnen目前也還沒有任何回應。

為什麼出錯？

研究人員指出在發現的人類基因功能論文中，含有錯誤核苷酸序列的比率高得驚人，此外，這些文章也使用了類似的語言和數字。這些問題論文作者大部分來自中國醫院。對此，Byrne懷疑這些論文可能與「文章工廠」—第三方論文代寫公司有關。

巴西里約熱內盧聯邦大學的研究員Olavo Amaral一直致力於可重複性和科學實踐方面的研究，他表示由於Byrne團隊挑選了特定的論文子集，因此尚不清楚這些發現是否代表了整個遺傳學文獻，但這警示我們需要重視並解決問題。Amaral說，「考慮到此類錯誤可以通過自動工具檢測到，我認為這說明了定期同行評審非常糟糕，根本發現不了這些易於檢測的錯誤，而這些錯誤可以通過更系統的質量控制形式進行處理」。

論文中遺傳序列錯誤，對轉化基因組學研究構成了重大挑戰，不僅浪費了科學家的研究時間，而且由於這些論文可能是偽造的，還使得其子領域可能根本就不靠譜。為了確保高質量和可靠的基因功能研究，迫切需要制定實踐標準和指南。目前，一些期刊（包括 Gene）已經建議編輯使用Seek&Blastn檢查提交稿件中核苷酸序列的錯誤。