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這是史無前例的實戰課程,
你收穫的不只是2天的互動教學課程,
你收穫的是課後1對1的指導和個人文章批改,
是科研思維的洗禮。
一次報課,一篇文章、終生受益。
(2022年4月16日-17日 線上授課)
01
課程講師
百川,百川科研公眾號創建者(BaichuanMedi),211/985大學教授,發表SCI文章50餘篇,數家SCI雜誌審稿人,資深職業寫手,擅長SCI文章撰寫與修稿,具有多年生信培訓經驗,學員反響熱烈。本次將傾情奉獻,從構文思路、到實操步驟、到寫作指導、到投稿修稿,提供一站式指導,課程緊緊圍繞差異分析、泛癌分析、多組學分析、多芯片聯合分析、批量生存分析、信號通路的篩選、蛋白互作、免疫微環境、ceRNA網絡、單細胞測序、實驗關鍵基因的篩選、基因Signature的篩選、預測模型的建立、預測模型的評價、LASSO回歸、Nomogram諾模圖、ROC曲線、以及最新的熱點(課上內容)等等進行抽吸剝繭的精講,現場指導寫作,課程結束當天能夠寫成自己的文章初稿。
02
課程內容
1.生信體系:零基礎極速掌握覆蓋生信核心知識點的生信思維體系,擺脫精通生信知識卻零散無體系,不會串聯成文的窘境;
2.寫作體系:零寫作基礎直接學會最正確SCI寫作思路和步驟,擺脫無窮盡的無用的寫作套路;
3.R語言本質:零基礎極速掌握R語言的思維體系和核心知識點,避免耽誤巨額寶貴時間變成專業碼農,忘記了也不會寫生信文章。
4.現場實戰:一邊講解每個知識點,一邊串聯成文,實戰分析和寫SCI,課程講完,一篇5+的稿子也寫完;
5.私人定製課堂:學員可以帶問題來,提一個課程外的知識點,課程上老師帶領同學一起學習。
03
課程目標
(1)沒有課題時,自己找到課題;沒有機制時,自己找到機制;
(2)讓自己SCI文章或國自然項目內容更夯實,思路邏輯更完美;
(3)思路缺乏創新性,怎麼辦?老師給你最新的生信分析熱點;
(4)掌握R語言的核心技能,掌握批量分析方法,掌握頂層計算機思維體系;
(5)掌握生信SCI寫作思路和修稿思路,快速成稿一篇SCI文章,解決畢業就業晉級壓力;
(6)掌握生信分析的獨家套路(5個套路供你選擇);
04
課程核心內容 包含但不限於
(1)泛癌分析;(2)非腫瘤生信的實操流程(以心梗示例)(3)生信分析聯合meta分析;(4)免疫微環境;(5)ceRNA網絡構建;(6)細胞焦亡的分析流程;(7)蛋白質相互作用網絡;(7)預測模型的建立及評價;(8)Cytoscape軟件精講;(9)實驗基因的尋找與生信驗證;(10)單基因泛癌分析;(11)多組學分析;(12)多芯片聯合分析;(13)實驗信號通路的篩選;(14)基因Signature的構建;(15)生信預測模型的建立;(16)預測模型的評價;(17)Cox回歸;(18)LASSO回歸;(19)Nomogram諾模圖(20)ROC曲線;(21)單細胞測序核心知識點;(22)單細胞測序數據的整理;(23)單細胞測序數據的質控;(24)降維分析;(25)聚類分析;(26)單細胞測序細胞亞群的區分;(27)單細胞測序數據的差異分析;(28)單細胞測序細胞群的注釋;(29)新的細胞亞群的鑑定;(30)如何結合生信熱點發前沿文章。
05
課程設置
日期
課程主要內容
第1天
8:30-11:30
R語言基礎知識介紹;R語言讀入及讀出;R包的多種安裝模式;R包及bioconductor資源的使用;R語言數據框的操作;R語言數據結構及循環控制(向量、因子、矩陣、數據庫、列表、for循環、if控制);DIY自己的人生第一個批量處理函數;R語言繪圖原理及體系;R語言基本繪圖和高級繪圖精講及實操;
GEO數據庫介紹、下載、清洗和探針注釋;TCGA數據的下載、清洗、不同類型數據的轉換
第1天
1:30-5:00
多個GEO芯片聯合分析的多種思路;
GEO芯片的probe探針的轉化方法匯總
差異分析精講(從表達矩陣的整理、歸一化、標準化到差異分析、多組差異分析、配對差異分析)
差異基因的呈現(精美火山圖、熱圖、PCA圖、小提琴圖)
GEO數據的處理流程演示及學員實戰(數據清洗、熱圖、火山圖、GO分析、KEGG分析、共表達分析)
R語言實現生存分析、功能注釋(精美生存曲線圖)
GSEA講解及結果解讀(精美GSEA圖)
GSEA分析的全套流程講解及結果的詮釋(精美GSEA圖)
兩個基因相關性分析;
單基因生存分析
多基因生存分析
第2天
8:30-11:30
任意癌症任意基因在癌和癌旁的表達分析;
同一癌症不同亞型和不同分期的表達分析;
單基因在多個正常組織中的表達分析;
單基因在多個癌組織中的表達分析;
單基因在多個癌和癌旁中的表達分析;
預後模型類思路和實操精講:基因Signature的構建;生信預測模型的建立;預測模型的評價;Cox回歸;LASSO回歸;Nomogram諾模圖;ROC曲線。
蛋白互作網絡構建、cytoscape的實操使用,MCODE的實操;
cytoHubba實操選取Hub genes(精美蛋白互作圖)
多個GEO數據的分析思維及實操
第2天
1:30-5:00
ceRNA的理論講解 mRNA incRNA miRNA的獲取。ceRNA網絡構建,ceRNA網絡的驗證 ceRNA網絡的展示(發表極分子網絡)
免疫微環境的理論講解,免疫浸潤實操:自己測序樣本中免疫浸潤
細胞豐度的計算;單基因表達與免疫細胞的影響、單基因突變與免疫細胞的影響、單基因拷貝數對免疫細胞的影響,免疫浸潤細胞與臨床因素的關係
單基因泛癌分析、泛癌表達量分析、泛癌生存分析 泛癌基因突變 泛癌免疫分析;
多組學分析;
單細胞測序的分析思路及操作流程(單細胞測序核心知識點;單細胞測序數據的整理;單細胞測序數據的質控;降維分析;聚類分析;單細胞測序細胞亞群的區分;單細胞測序數據的差異分析;單細胞測序細胞群的注釋;新的細胞亞群的鑑定)
生信的其他應用(怎麼利用TCGA/GEO數據庫中找課題?怎麼利用TCGA/GEO挖掘下游機制?如何利用TCGA/GEO數據庫申請國自然?如何利用TCGA/GEO數據庫發表文章?)
最新熱點的分析思路指導(如何結合生信熱點發前沿文章)
SCI文章模塊化寫作精講和修稿策略,實例講解:審稿人讓補充實驗,如何不做實驗也能讓審稿人滿意。
實戰環節:每個分析步驟的一步一步,「我在講,你在做,不懂你就問」的DIY環節;
06
涉及的31個議題
1,沒有課題時,如何找課題、找線索、找機制?
2,後續細胞實驗,如何精準找到下游作用通路或因子?
3,花錢測序回來的一堆結果,亂七八糟,怎麼梳理、再分析成一篇SCI論文?
4,gene signature類文章的一些禁忌,哪些是評審專家特別看重,一票否決的點?
5,當下熱門的免疫微環境是怎麼回事,怎麼利用自己的數據進行操作?
6,審稿人說只有生信分析,沒有實驗驗證,怎麼辦?,
7, TCGA數據庫中的數據,怎麼下載,需要進行哪些數據清洗?
8,文章寫好了,怎麼選刊,避免踩雷?
9,WGCNA是什麼東西,為什麼是生信分析的神器?
10,生存分析有幾種方案?怎麼進行批量操作?
11,免疫浸潤的計算方法有多少種,怎麼多種方法批量分析?
12,目前有什麼熱點,怎麼結合熱點,發出不一樣的生信文章?
13,單基因生信分析,能做到什麼程度?
14,兩個基因,能進行什麼生信分析,產生多少結果用於SCI文章中?
15,一群基因,能進行什麼生信分析,產生多少結果用於SCI文章中?
16,如何利用生信挖掘,沒有試驗前期,也能寫課題中標書?
17,差異表達分析怎麼做、配對樣本怎麼做,多組樣本怎麼做,小樣本怎麼做,大樣本怎麼做?
18,GSEA基因集富集分析,優點是什麼,缺點是什麼,怎麼做?CNS的大牛文章中到底是怎麼用GSEA的?怎麼在文章或課題里利用GSEA加分?
19,ceRNA網絡怎麼構建? 對於mRNA,miRNA,lncRNA,cirRNA,我們應該做些什麼?
20,GE0芯片數據,除了熱圖、火山圖,還能做什麼?
21,那麼多GEO平台,如何以不變應萬變的進行探針ID轉換?
22,GEO多芯片數據,如何進行批次效應的處理?
23,ssGSEA算是批次效應的終結者嗎?批次效應的終結者到底是什麼?
24,如何對長鏈非編碼RNA、假基因等一網打盡的注釋?
25,單基因GSEA怎麼做?有什麼用途?跑出的結果怎麼挑選和分析?
26,TCGA數據的正常和癌組織怎麼分組,轉移和未轉移怎麼分組,配對樣本怎麼挑選?
27,如何從TCGA數據中提取出lncRNA?
28,同一基因出現不同的分析結果,我該信誰?
29,做通路分析時,肺癌的數據聚類出肝癌的通路,這是怎麼回事?
30,我想進一步學習,但害怕四處折騰踩雷,有什麼避雷指南?
31,別人生信學3個月或學半年,我怎麼學,才能後來居上,超過他們?
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報名郵箱:wybiot@126.com
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上海焦務科技服務中心
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(2)發票名目:可開會務費、會議費、註冊費、檢測費、統計分析服務費等發票。
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賬戶名稱:上海焦務科技服務中心
賬戶 號:9734 0078 8012 0000 0311
開 戶 行:上海浦東發展銀行大華支行
B:支付寶轉賬
收款人:wybiot@163.com 支付寶戶名:上海瑋瑜生物科技有限公司
C:信用卡或公務卡支付
微信或支付寶掃描二維碼支付,通過信用卡/公務卡扣款
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報名方法二:在線報名:(長按識別或掃描下圖二維碼報名)
4月12開始
線上
兩個月包教包會學單細胞測序、chipseq、RNAseq、Atacseq、R語言
8800
4.16-17
線上
腫瘤微環境和免疫治療課題思路介紹及熱點方向
3200
4.16-17
線上
R語言挖掘TCGA、GEO等公共數據庫發表文章
3200
4.16-17
線上
緊扣生信熱點零基礎到手握5+生信熱點分文章
3200
4.16-17
線上
腸道菌群機制研究及基金課題設計
3200
4.16-17
線上
臨床數據預測模型類論文專題培訓班
3200
4.16-17
線上
多模態腦影像數據的處理與分析零基礎實操培訓班
3800
4.16-17
線上
數據處理、統計分析、圖表製作、插圖、模式圖
3200
4.16-17
線上
腫瘤免疫微環境和免疫浸潤分析生信實操課
3200
4.16-17
線上
文獻計量論文寫作發表培訓班
3200
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瑋瑜科研平台
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如有意,請與我聯繫,謝謝
聯繫人:謝老師
聯繫電話:13611825136
(微信17317557680)
合作方式:線下或線上課程皆可
勞動報酬:酬勞豐厚,電話私聊