鑽石舞台

此內容主要是為了對Pymol進行選擇的小結總結，完全的內容可以查看PymolWiki[1]。

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原子選擇的命名

#表達式select selection-name,selection-expression#例子select bb,name c+o+n+ca #創建名稱「bb」的原子，包括「C」，「O」，「N」或者「CA」的原子color red, bb #給bb賦予紅色hide lines, bb #隱藏線狀representationshow sticks, bb #棒狀展示zoom bb #聚焦bb

常用選擇--單字母----短選擇----描述--all*PyMOL中加載全原子nonenone啥也不選hydroh.所有氫原子，足以後面有.hetatmhet加載HETATM標籤visiblev.選擇所有可見的原子polymerpol.聚合物backbonebb.骨架原子sidechainsc.側鏈原子center居中origin旋轉orgainicorg.所有非聚合的有機化合物（如:配體，buffers等等）inorganic非有機分析metals金屬離子（PyMOL1.6.1以上）solvent溶劑分析，包括HOH，WAT，H2O，TIP，SOL

#示例color blue, all #所有顏色標記為bluecolor blue, *hide hydro #所有氫原子都隱藏hide h.show spheres, hetatom #所有定義為HETATOMS的原子show spheres, het

特徵選擇--匹配參數選擇----短字符----例子和解釋--symbole.一到兩個化學特徵字符select polar,symbol O+Nnamen.最高4個字符的蛋白或者核酸原子select carbons,name CA+CB+CG+CDresnr.殘基名select aas, resn ASP+GLU+ASN核酸名select bases,resn A+Gresii.殘基編號select mults10,resi 1+10+100``select nterm,resi 1-10altaltalternate-conformation-identifier-listselect altconf,alt A+""chainc.選擇相應的鏈select firstch,chain Asegis.選擇片段特徵select ligand,segi ligflagf.從0到31的單整數select f1,flag 0numeric_typent.單個整數select typel, nt. 5text_typett.type-stringselect subset,text_type HA+HCidid單整數外部索引select idno,id 23indexidx.單整數內部索引select intid,index 11ssss二級結構select allstrs,ss H+S+L+""label原子注釋上標籤如:label "Hello World"數字選擇表--數字選擇----短字符----參數和例子--bbbeta因子select fuzzy,b>10qq占有率值select lowcharges,q>0.50formal_chargefc.形成電荷值select doubles,fc.=-1partial_chargepc.部分電荷值select hicharges,pc.>1

# 例子select nterm,resi 1+2+3select nterm,resi 1-3select unstruct,ss " "

更多例子:

根據PDB原子編號進行選擇

select Nr, id 1-30

若你的殘基id為負的，則需要添加\: 如下選擇殘基-55的原子

select i. \-55

取反:

select aa, not alt ""

選擇操作和修飾表格--操作----短字符----影響--not s1!s1不包括select sidechains,!bbs1 and s2s1&s2選擇既在s1又在s2中的原子select far_bb,bb&farfrm_tens1 or s2s1|s2選擇s1或者s2中的原子（也就是包含全部的s1和 s2原子）select all_prot,bb|sidechains1 in s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi, resn, chain, segi) 全部符合s2中對應的原子select same_atms,pept in prots1 like s2s1 |.s2選擇s1中的那些原子，其identifiers (name, resi) 符合s2中對應的原子select similar_atms,pept like prots1 gap X選擇那些原子，其van der Waals半徑至少和s1的 van der Waals半徑相差Xselect farfrm_ten,resi 10 gap 5first s1S1中的第一個原子last s1S1中的最後一個原子s1 around Xs1 a.X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，所包括的所 有原子select near_ten,resi 10 around 5s1 expands1 x.X選擇以s1中任何原子為中心，X為半徑，然後把s1 擴展至該新的範圍所包含的所有原子select near_ten_x,near_ten expand 3s1 within X of s2s1 w.X of s2選擇以s2為中心，X為半徑，並包含在s1中的原子select bbnearten,bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1擴展完整的分子select complete_mol, bm. bbnear10bymolecule s1bm.s1故名思義，下同byfragment s1bf. s1select complete_frag, bf. bbnear10bysegment s1bs. s1select complete_seg, bs. bbnear10byobject s1bo. s1把選擇擴展到全部objectselect near_obj, bo. near_resbycell s1byring s11.8.2新功能select rings,byring (all)neighbor s1nbr. s1選擇直接和s1相連的原子.select vicinos,neighbor resi 10bound_to s1bto. s1s1 extend Xs1 xt. Xselecr connect_x,near10 extend 3pepseq SEQps. SEQselect 1tvn and ps. FATEWreprepselect sele,rep spheres大量快速選擇

select pept and segi lig and chain b and resi 142 and name ca

可以壓縮成如下格式:

select /pept/lig/b/142/ca

化學分類選擇操作短字母注釋organicorg.非聚合物有機複合物(eg. ligands,buffers)inorganicino.非有機複合物solventsol.水分子polymerpol.蛋白或者核酸polymer.protein蛋白polymer.nucleic核酸guide蛋白CA和核酸C4*/C4'hetatmPDB HETATM記錄hydrogensh.氫原子backbonebb.骨架sidechainsc.側鏈metals金屬donorsdon.氫鍵供體acceptorsacc.氫鍵受體坐標選擇操作短字母注釋state原子所處的狀態例如:state 123presentpr.現在的狀態x,y,z模型空間坐標，例如:x<12center/origin選擇中心/旋轉的偽原子References

[1]PymolWiki:https://pymolwiki.org/index.php/TOPTOC[2]PymolWiki:https://pymolwiki.org/index.php/TOPTOC