本周「一作論壇」為組學篇,時間是4月1日20:00-21:00,由麻省理工學院博士後邱肖傑報告,題目為:超越RNA速率:機器學習方法,dynamo,從單細胞測序數據學習完整細胞動力學模型,屆時歡迎大家參加直播。
20:00-20:30 邱肖傑《超越RNA速率:機器學習方法,dynamo,從單細胞測序數據學習完整細胞動力學模型》
邱肖傑:邱肖傑博士是麻省理工學院Whitehead研究所,美國科學院院士Jonathan Weissman 實驗室的博士後研究員。他的工作專注於應用新的單細胞基因組學技術(包括新的基於代謝標記的單細胞測序或空間基因組學)和構建新的計算框架來了解細胞的命運,並預測和操縱它。肖傑在華盛頓大學,單細胞測序領域先驅Cole Trapnell的指導下攻讀博士學位。肖傑的博士工作對單細胞基因組學領域做出了重大貢獻,例如他開發的Monocle 2/3,可以準確、穩健地重建複雜的發育軌跡來深入分析scRNA-seq 數據。這些工具成為了單細胞測序領域用的最多的工具之一。與 Sreeram Kannan 密切合作,他還開發了 Scribe從單細胞時間序列數據集中檢測直接因果關係的基因調控關係。他最近的工作包括與邢建華實驗室緊密合作開發的dynamo(https://github.com/aristoteleo/dynamo-release)超越傳統的計算框架單細胞的的預測建模細胞命運轉變,以及與華大基因緊密合作對大視場,高精度空間基因組學的stere-seq建模研究。
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