鑽石舞台

早上好，今天小編分享一篇2022年6月發表在Frontiers in Molecular Biosciences（IF=6.113）的文章，作者使用WGCNA方法篩選先兆子癇生物標誌物，雖然方法簡單但與臨床結合緊密。

背景：先兆子癇會增加母親和胎兒未來患心血管疾病的風險。它還增加了後代精神和神經問題的風險以及與早產相關的發育風險。

方法：

1、在GEO數據庫下載先兆子癇患者的表達數據；

2、加權基因共表達網絡（WGCNA）的構建及重要模塊的識別；

3、差異表達基因篩選；

4、蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡構建和核心基因的鑑定；

5、核心基因的功能富集分析和KEGG分析；

6、 Hub 基因表達和預測值的驗證；

7、預測模型和列線圖的建立和驗證。

WGCNA分析

對數據進行WGCNA分析，計算軟閾值能力，使網絡更符合無標度網絡的特點。

通過計算基因之間的相關係數，根據表達模式對基因進行分類，並將模式化的基因分組為一個模塊。藍色模塊與先兆子癇最顯着相關，並且與疾病嚴重程度相關。

基因本體功能分析

選取差異基因與WGCNA 藍色模塊之間的維恩圖的交集中鑑定的候選基因進行 GO 和 KEGG 通路富集分析。

隨後對交集基因進行構建蛋白質-蛋白質相互作用（PPI）網絡，並應用Cytoscape軟件對PPI網絡進行可視化。通過 CytoHubba 插件基於最大團中心性 (MCC) 鑑定了潛在的關鍵基因。

Hub基因的驗證及預測模型的構建

利用驗證集中先兆子癇和非先兆子癇全血樣本在妊娠早期樣本對hub基因的表達進行差異分析。

同時，建立了列線圖來可視化模型，並使用校準曲線來驗證模型的準確性。

測試隊列的驗證

從醫院收集樣本，10名正常孕婦、11名遲發性先兆子癇和9名早發性先兆子癇。測試hub基因在三種類型中表達狀況。

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