鑽石舞台

今天小編分享一篇2022年1月6日發表在Front Oncol的肺癌的文章（IF :5.738），題目為「Identification of Key Pathways and Genes Related to Immunotherapy Resistance of LUAD Based on WGCNA Analysis」。

背景：免疫治療耐藥是免疫檢查點抑制劑 (ICI) 在肺腺癌 (LUAD) 患者中應用的主要障礙。儘管最近的研究發現了幾種導致免疫治療耐藥的機制和潛在基因，但仍然缺乏解決這個問題的方法。

方法：

1.我們結合 TIDE 和加權基因共表達網絡分析 (WGCNA)篩選與免疫治療耐藥性高度相關的潛在模塊

2.Hub 基因的鑑定

3.細胞免疫浸潤分析

1、WCGNA 分析和模塊顯着性計算

樣本樹狀圖和軟閾值估計（圖1）。(A) 507 個樣本的樣本樹狀圖和特徵熱圖。上面的12個性狀是癌症乾性的代表標誌物，下面的9個性狀是免疫治療的常用評價指標。(B)各種軟閾值冪 (β) 的無標度指數分析。(C, D) β = 4 時的無標度拓撲。

圖1

基因富集和模塊識別（圖2）。(A) LUAD 患者共表達基因的分層聚類樹狀圖。共識別出 45 個模塊，每個彩色行代表一個具有高度連接基因簇的模塊。(B)共識模塊特徵基因與 TIDE 評分、癌症乾性或其他免疫相關特徵之間的相關係數。(C)相鄰模塊的熱圖。(D)前 20 個中心基因的蛋白質-蛋白質相互作用。關係的強度與彩色線條的粗細有關。

圖2

粉色模塊中重要基因的富集分析（圖3）。(A)GO富集包括生物過程 (BP)、細胞成分 (CC) 和分子功能 (MF)。(B)粉色模塊中重要基因的 KEGG 富集。（C-F）粉色模塊中重要基因的通路富集。(C)是參與免疫分析的途徑。(D)是 IO.unity 中的路徑。(五)是人體生理過程中的共同通路。(F)是癌症進展的途徑。

圖3

粉紅色模塊中重要基因與乾性和免疫治療抗性的相關性（圖4）。(A)粉紅色模塊與癌症乾性標誌物的相關性分析。(B)粉色模塊與免疫抑制標記的相關性分析。(C)粉色模塊與免疫刺激標記的相關性分析。

圖4

2、Hub 基因的鑑定和驗證

粉紅模塊hub基因的臨床特徵（圖5）。(A) LUAD癌組織和正常肺組織中9個hub基因的mRNA表達。(B) Kaplan Meier 檢驗顯着基因的生存圖。

圖5

3、THY1的臨床特徵

LUAD 患者中 THY1 的特徵（圖6）。(A) LUAD 患者在六種免疫亞型中的 THY1 表達(B) LUAD 患者不同腫瘤臨床階段 (N 和 i-iv 期) 中 THY1 的 mRNA 表達水平。(C) THY1 與各種癌症乾性特徵的相關性分析。(D) THY1 與免疫抑制標誌物的相關性分析。(E) THY1 與免疫激活標誌物的相關性分析。

圖6

4、LUAD 患者中 THY1 和 SOX9 的臨床驗證

THY1 的表達水平與 SOX9 和 PD-1 mAb 治療的 LUAD 患者的效率顯着相關（圖7）。(A) THY1 和 SOX9 在接受 PD-1 mAb 治療的 LUAD 患者腫瘤組織上的代表性免疫組織化學染色。(B) THY1 和 SOX9 免疫組化染色評分的統計分析。THY1和SOX9免疫組化染色評分的相關性分析。(C) LUAD 患者接受 PD-1 mAb 治療前後的代表性 CT 結果。

圖7