【做計算 找華算】理論計算助攻頂刊,10000+成功案例,全職海歸技術團隊、正版商業軟件版權!催化反應中經常需要分析結構的靜電勢分布,其正確名稱叫做靜電勢在電子密度等值面上的分布。本文以CHA三維八元環結構分子篩為例,為大家介紹靜電勢分布的計算及出圖方法。首先在MS(Material Studio)軟件中右鍵Import在Examples/Documents/3D Model中導入CHA結構文件。【CIF文件下載鏈接】10000個晶體結構CIF文件:MOF、MXenes、催化、電池、二維材料、鈣鈦礦、金屬、納米管等右鍵打開Displaystyle,單擊Polyhedron選項(結構顯示樣式不影響靜電勢的計算)1)打開Modules-DMol3-Calculation2)Task設置為Geometry Optimization. Functional更改為LDA, VMN。 3)Electronic選項.k-point set設置為Gamma, Orbital cuttoff quality設置為Coarse。單擊More 按鈕。Orbital Cutoff選項卡中,設置orbital cutoff的值為3.5Å。(具體計算精度,根據需求來選擇)4)在Properties中勾選Electron density和Electrostatics。5)Job Control中選擇合適的核數,點擊run開始計算1)在輸出的文件夾中打開CHA.xsd,之後右鍵打開Displaystyle,單擊Stick或Ball and stick選項,將CHA的顯示變成棍或球棍形式。2)打開Modules-DMol3-Analysis:l選中Electron density,並勾選View isosurface on import,然後單擊import;l然後,選中Potentials,不勾選View isosurface on import,單擊importl右鍵打開Displaystyle,在Isosurface-Mapped field中選中DMol3 electrostatic potential;lDisplaystyle-Isosurface-Transparency:調整透明度lDisplaystyle-Isosurface-isovalue:調整等值面數值lFrom選擇MappedMinimum,To選擇MappedMaximum。1)View-Toolbars-Volume Visualization,打開工具欄2)從打開BestFit,打開Choose Fields to Slice對話框。選擇DMol3 electrostatic potential,單擊OK按鈕。3)查看切面覆蓋的指定區域的最大值和最小值:單擊Color Maps按鈕,選擇切面。單擊From旁邊的右箭頭,選擇Mapped Minimum。單擊To旁邊的右箭頭,選擇Mapped Maximum。將Spectrum更改為Blue-White-Red。4)單擊色條中的紅色右箭頭。所有大於平均值的點都被從切面上移除。單擊色條右側的||按鈕,重新顯示大於平均值的顏色。在Display Style對話框中的Slice選項卡中,調整Transparency,改變透明度。
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