【會議背景】單細胞測序是從單個細胞水平對基因組和轉錄組進行研究。2015年以來，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技術的出現，徹底降低了單細胞測序的成本門檻。自此，單細胞測序技術被廣泛應用於基礎科研和臨床研究。通過單細胞測序可以最大程度的反映細胞的異質性，發現新的細胞群和細胞亞群，並為闡明細胞狀態轉換的調控機理提供了技術保障。單細胞技術以及數據分析方法在腫瘤、發育生物學、免疫學、神經科學等領域有重要應用，是現今生命科學研究的焦點。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空間轉錄組技術在進行單細胞轉錄組測序的同時保留並記錄了細胞的空間位置信息。空間轉錄組技術能夠揭示細胞間的相互作用以及細胞所處的微環境，將成為發育生物學、神經生物學、免疫生物學、腫瘤微環境等領域的研究利器。聯繫人：琪琪
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本次課程以近期CNS文章為案例主線，逐一詳細剖析，全程電腦實戰教學。理論與實踐相結合，老師將以最簡單易懂的方式，既介紹單細胞測序的研究方法、分析內容和最新前沿進展，又介紹具體的數據庫、工具和軟件的使用，並在課堂上進行上機指導。講師經驗豐富，教學深入淺出，能讓大家獲得從單細胞組學原始數據實現CNS圖形繪製的實戰能力。【講師背景】來自中科院，長期從事單細胞多組學方面的項目研究，目前已在Nature等雜誌發表文章四十多篇，承擔國家科技部、國家自然基金委和重點研發計劃等多項課題。【預期目標】直播學習+錄屏複習本學習班由多年從事單細胞組學研究的科研人員授課，通過深入淺出的理論講解和實例案例，幫助學員拓展研究思路，提升科研水平，增加職業競爭力。通過本次課程培訓將使學員系統掌握當前主流的單細胞組學分析流程、方法和軟件，從零基礎實現到CNS圖表的繪製，同時提升研究深度和廣度，拓寬研究思路。主要使用R和Rstudio。這兩個軟件為免費軟件，可自己提前到官網下載安裝好。R語言可以零基礎，但是要求能熟練操作電腦，可以正常的跟上講師步驟進行操作。3. 單細胞高分文章分析思路解析（細胞群鑑定、擬時序分析、差異表達、功能富集、轉錄因子、細胞通訊等）。1. R語言簡介及安裝，RStudio的安裝及使用說明。4. 10X官方單細胞軟件Cellranger講解及實操。5. 從基因表達矩陣開始到marker基因篩選全過程講解及實操。6. 通過Seurat軟件進行PCA及tSNE降維。1. 通過Seurat 合併多樣本及消除樣本異質性。2. 通過Monocle軟件進行單細胞轉錄組擬時間分析。3. 通過DAVID及metascape網站進行通路富集分析。5. 通過cellphonedb進行細胞互作分析。備註：自備電腦，windows電腦建議win10 64位以上系統，內存不低於4G，建議8G以上。上課主要軟件為R和Rstudio。報到地點：提前報名，並安裝好騰訊會議軟件。課程開始時進入會議室。收費標準：會務費：3000元/人 直播學習+錄屏複習注意事項：攜帶windows系統的電腦，安裝最新版本R和Rstudio賬戶名稱：上海循掘生物科技中心 賬戶號：1001064709100016561收款人：yonghong1028@126.com 戶 名:金永紅
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