本周我們小張聊科研公眾號推出第六期專題:腫瘤藥物敏感性。今天給大家帶來這期專題的第一篇!
2021年6月24日,來自美國俄勒岡健康與科學大學奈特癌症研究所的研究者人員,在CancerCell(IF=31.743)上發表了題為The AML microenvironment catalyzes a stepwiseevolution to gilteritinib resistance的研究性文章,使用多種研究手段,詳細介紹了FLT3突變的急性髓系白血病 (AML) 中gilteritinib耐藥性的逐步演變,確定AURKB對早期抗性至關重要。

急性髓性白血病(AML) 是一種侵襲性血液系統惡性腫瘤,其特徵是未成熟成髓細胞的異常增殖,浸潤骨髓並破壞正常的造血功能。fms相關受體酪氨酸激酶3 (FLT3) 基因的驅動突變是AML中最常見的一種,30%的患者發生此現象。gilteritinib是一種口服的強效、選擇性FLT3抑制劑。然而,殘留細胞會在骨髓微環境中存活。隨着時間的推移,這些早期耐藥細胞進化出內在耐藥機制,導致AML復發。

本研究中,通過整合全外顯子組測序(WES)、CRISPR-Cas9 篩選、代謝組學、蛋白質組學、磷酸蛋白質組學和小分子抑制劑篩選(匯集了當前最火的研究手段,「燒錢」666啊),全面分析了早期到晚期gilteritinib耐藥性的時間演變。

1)現象:微環境因素促進早期gilteritinib耐藥的發展
為了模擬gilteritinib耐藥中的微環境保護,研究者使用了外源性成纖維細胞生長因子2 (FGF2) 和FLT3配體 (FL),以保護細胞避免受多個FLT3抑制子影響。結果顯示gilteritinib處理的MOLM14細胞未恢復生長,然而所有補充了FGF2或FL的培養物最終都恢復了生長。這些結果突出了外在生存因素在促進對gilteritinib的早期耐藥性方面的重要性。
2)基因變化:在晚期耐藥而非早期耐藥中,NRAS突變占主導地位
研究者對晚期gilteritinib耐藥的MOLM14 和 MV4;11 培養物進行了WES分析,並在13/15個培養物中發現了激活的NRAS點突變。隨後評估了這些突變在長期培養過程中出現的時間。通過Sanger測序,在MOLM14培養物中配體存在4個月時,無法檢測到突變。這些結果說明NRAS突變在晚期而非早期耐藥中富集。
3)全基因組CRISPR-Cas9篩選:顯示早期抗性比晚期抗性更複雜
為了從基因上尋找驅動抗性的信號通路,研究者在具有代表性的FGF2和FL早期和晚期抗性MOLM14培養物中進行了全基因組CRISPR-Cas9再敏化篩選。FGF2-和FL-依賴性培養物的CRISPR-Cas9分析沒有確定導致早期gilteritinib耐藥的單個基因,而是揭示了許多參與細胞周期進程、脂質代謝和PI3K/MAPK信號通路的基因。與早期抗性相比,NRAS是迄今為止晚期抗性培養物中最顯著的分子。以上結果表明,早期gilteritinib耐藥是多因素的,而晚期耐藥則表現出對NRAS的依賴性。
4)代謝組學:早期和晚期gilteritinib耐藥細胞表現出獨特的代謝依賴性
FGF2和FL早期CRISPR-Cas9篩選出來的多種分子表明,代謝波動可能有助於早期耐藥。因此,通過對早期和晚期gilteritinib耐藥培養物中代謝物的檢測,表明長期FLT3抑制導致廣泛的代謝重編程。偏最小二乘判別分析揭示,相對於親本細胞,早期和晚期gilteritinib耐藥的MOLM14培養物中代謝組學存在顯著差異。這些結果表明代謝重編程從早期抵抗開始,並持續到晚期抵抗。
5)蛋白組學:早期和晚期gilteritinib耐藥培養物具有不同的蛋白質組學特徵
為了進一步確定早期耐藥性,研究者進行了蛋白質組學和磷酸蛋白質組學,分析表明早期和晚期gilteritinib耐藥培養物具有不同的蛋白質組學特徵,早期耐藥顯著降低了細胞周期蛋白的活性。
6)實驗驗證:早期gilteritinib耐藥性依賴AURKB進行細胞周期調節
磷酸化蛋白質組學數據表明細胞周期的改變有助於早期gilteritinib耐藥。因此,研究者通過通過定量分析細胞周期、AURKB抑制劑以及CRISPR-Cas9敲除AURKB實驗方法,發現早期耐藥培養物的細胞周期較慢,AURKB的抑制使早期耐藥MOLM14細胞對gilteritinib重新敏感。
7)臨床轉化:早期和晚期gilteritinib耐藥模型概括了人類疾病
為了評估早期耐藥培養物的臨床相關性,研究者選擇12名接受gilteritinib治療的AML患者,原發性早期耐藥AML樣本的靶向蛋白質組學顯示細胞周期蛋白減少,脂質代謝蛋白增加,MAPK信號蛋白改變;體外治療證實AURKB在早期耐藥性中的脆弱性。

本研究詳細介紹了FLT3突變的AML中gilteritinib 耐藥性的逐步演變。
本模型密切反映了接受gilteritinib治療的AML患者的時間和突變。AURKB的藥理學抑制使接受gilteritinib治療的AML患者的早期耐藥細胞培養物和原代白血病細胞重新敏感。這些發現為臨床治療提供了有效策略,即在預先存在的耐藥突變擴大之前,用AURKB抑制劑和gilteritinib靶向早期耐藥AML細胞。(行文至此,各位看官發現了嗎,原來我們走過最深的路,是頂刊的套路啊:現象—機制—臨床轉化是最基本的思路,運用時下最火的研究方法,瞬間讓文章上了好幾個檔次,然而這些都是白花花的銀子呀!So~各位準備發大paper的小夥伴們,準備好「燒錢」了嗎~好啦,我們下次頂刊見bye~)

【科研套路】僅用兩個樣本!這篇36+Nature子刊文章帶你玩轉空間轉錄組
第一個IF就接近8分的Q1區期刊帶你了解腫瘤微環境中的細胞間信息交流和信號傳導
單細胞RNA測序技術在腫瘤微環境研究中的四大招數,幫你都整理好了
工具篇丨CHARTS:一款免費在線分析腫瘤異質性的單細胞測序Web版軟件
文獻詳解丨給腦膠質瘤繪製家譜,單細胞測序在腫瘤異質性和發育研究中的大顯神通!
【課題套路】53分綜述文章帶你了解靶向癌症幹細胞信號通路和腫瘤微環境的研究進展
【科研套路】明星分子的範文,不學你就OUT了!
Nature丨腸道菌群的「奇葩」新功能:硬生生地將抑癌基因p53轉變為原癌基因
【科研反套路】你沒看錯!不做單細胞,也能發高分文章!
往期專題③——腫瘤微環境和外泌體/miRNA回顧
文獻詳解丨燃!超然!超級燃!性價比超高:外泌體circRNA的ceRNA傍上免疫逃逸,居然能15+?
收藏!我都嘔心瀝血幫你整理出來這篇長長長長長綜述了,就不相信你對這個方向還沒有想法!
【熱點追蹤】滴血驗癌只是看上去很美?這篇Cell外泌體文章揭露真相
這本12分只發綜述文章的期刊,最近深挖了有關胞外囊泡和神經膠質瘤的研究方向,Loading 64%……
往期專題④——腫瘤微環境和免疫回顧
【熱點追蹤】Nature顛覆傳統觀念:你的免疫細胞竟然跟腫瘤一樣愛甜食!
【熱點追蹤】Science子刊重磅:居然可以這樣巧奪天工改造T細胞,CAR-T治療大升級
【科研套路】這篇一萬字的Cell把腦瘤中的腫瘤免疫微環境講了個底兒朝天!
往期專題⑤——腫瘤微環境和微生物組回顧
這篇Science上發的綜述,徹底把腫瘤與微生物組的基礎研究方向講透了
一文竟囊括臨床基礎生信三大套路,還不快學起?
扒一扒大佬發的這篇10分文章,思路也不是很複雜嘛(附完整復現攻略)
周末醒腦,腸道微生物組學助力抗癌新藥發現的經典範文!
腸道菌群研究真的沒有那麼難!一文get腸道菌群研究頂刊發文技巧
往期專題⑥——腫瘤微環境和m6a回顧
都別吵了,m6A和腫瘤微環境,看看這位大佬是怎麼幫你總結的!(值得收藏)
這個套路藏不住了!這樣玩m6A和腫瘤免疫能也能發個8分+文章!
32種腫瘤的m6A調控特點,我被這篇短小精悍的27分+泛癌文章驚艷到……
精彩遠不止m6A!這篇沒有濕實驗的27分+文章提出了近乎完美的模型
一戰封神!m6A YYDS!這篇31分+高分文章揭露乳腺癌腦轉移的新機制